余英时教授是中国当代最具有建树的思想家，是被全球研究中国历史与文化的学者公认的汉学和中国研究领域中处于中心地位的大家。他中西汇通，研古析今，又因其独立人格和政治上的不妥协与态度鲜明，晚年其著作和言论在中国大陆几乎被封杀，但这並沒有阻止在中国大陆的学者和公众悼念他。
余英时的学术研究，从远古时期到近现代，涵盖了横跨3000多年的中国历史时期。他在美国的学术生涯始于对先秦两汉时期和中古时期思想文化史的专门研究。从攻读博士时期开始，余英时便已经在学术界崭露头角，他的博士论文探讨了古代长生理想向不朽思想的重大转变，成为对宗教思想关键转变的经典描述。
1970年代，余英时教授发表著作梳理了宋明理学的发展和清代思想史，并在针对仅次于孔子本人的最有影响力的儒家人物朱熹的研究上取得突破性成果，展示了他对儒家思想的全面掌握。
余英时教授的学术成果大致集中在三方面：先秦两汉时期的中国古代思想史、宋元明清的知识和文化史，以及近现代的知识分子和东西文化问题研究。
2006年，美国国会图书馆馆长詹姆斯·比林顿（James H. Billington）在授予余英时“克鲁格人文与社会科学终身成就奖”时说：“余英时博士的学术研究是非常深刻和广泛的。他对中国历史、思想和文化研究的影响跨越了许多学科、历史阶段和研究课题；他深刻地研究了关于人性的一些重大问题和内在原理。”
余英时教授不仅是中国当代最具有建树的思想家，而且是海外中华文明的传播者。他从思想史的角度分析追踪了中国近百年价值观念和思想潮流的流变。在立场上，他无疑是反对全面彻底地抛弃中国传统文化的，但他从来不就价值观取向进行争论，而是用梳理思想脉络的方法，用史实去证明“现代激进主义滥觞”的存在。他认为：“传统和现代化并不是在每一个方面必然都是势不两立的。现代化有时反而需要借助于传统中的健康力量。” （1993）
余英时教授是一生坚持把中国文化的重建问题提到台面上研究的思想史学家。对于中国文化传统，他的信念绝不仅仅是停留在“传统仍有价值”的说法，而是把一些优质的文化传统当成“恢复人类文明的元气”的工具（1999）。而他本人则是穷其一生不断梳理中国文化传统，并在1990年代通过香港《明报月刊》等刊物，向当代中国人介绍传统文化的精要。
晚年，余英时教授在中国近代思想史上仍有突破性贡献，成为最先使用中文加入二十世纪上半叶由哲学家和宗教研究者开始的关于“轴心时代”的讨论的学者。其著作，2014年出版的《论天人之际》，系统性地确立了中国先秦哲学思想作为“中国文明的轴心突破”与“轴心时代”的对应关系。这是余英时给与当代中国人的思想启发，也是贡献给全世界思想界的精神遗产。
著作等身的学者余英时，因其独立人格与求真敢言的性格，亦从未放弃和逃避对社会现实和文化问题的关注和评论，1950年代初期，青年学子余英时初到香港的新亚书院就读时，受教于钱穆，彼时已热忱地关注中国社会与政治发展走向。此后多年直至临终，余英时都在海外持续关注中国政治问题。 对媒体采访、同仁和学生请教与交流中国现实问题的请求，几乎有求必应，知无不言。
复旦大学历史学者葛兆光曾撰文分析，余英时的家世和个人在香港美国治学的际遇，造就了其与在中国大陆生活的历史学者的巨大不同。而余英时自己在多个场合系统讲述过1937-1949年少年时期在中国大陆的最初经历，决定了他对共产主义和中共的认识，也注定了他终身反对共产主义而一生选择去往自由的地方。
关于为何中国知识分子最终选择了共产主义这个令华人政治和历史学界长久讨论的问题，余英时在回忆录中写道：“以儒家为主题的中共传统思想发生了一种接引作用，使清末知识人容易接受共产主义（或社会主义）意识……中国知识人最初选择共产主义作为‘救亡’的药方时，主要是出于一种错觉，他们对于这套理论是否合乎中国的病情，根本未深入研究过。由于这套理论中的某些因子初看似乎和他们所熟悉的传统观念与价值相近（如‘均’，‘公’之类），他们便毫不迟疑地奉为‘真理’，愿意为之献出生命。不同的错觉在‘五四’以后仍然不断出现……总之，这一选择可以说是聚九州之铁而铸成的大错。”
余英时自1978年以美国汉代研究访华团团长身份回到中国大陆访问后，至临终，再未回故土。余英时经常前往台湾参加各种学术活动，出版大量台版学术著作，大多数学术著作也得以在中国大陆出版，但一些与中国主流意识形态不符的内容和时事评论多遭删减。近些年，更传出被封杀的消息。
“在没有胡适之的年代里，至少我们可以读余英时。”一度是1990年代中国大陆知识界很流行的话。中国大陆最早出版余英时的书是1987年的《士与中国文化》，此书一度风靡，影响了大量中国读书人。当时中国社会和思想界对古代中国文化和士大夫传统多持批评态度，而余英时与钱穆先生类似，对传统怀有“温情”与“敬意”，对中国古代“士”持同情态度。
复旦大学历史学者葛兆光认为，从实质上，余英时的著作“激励了八十年代文化热衷知识阶层对政治权利的反抗勇气”。“从另一侧面提醒了知识阶层如何关注自己的历史，以及只是人如何发掘传统精神，用‘道统’对抗‘政统’，以传统中的‘不事往后，高尚其事’的气节，给知识阶层保留一层尊严”。
余英时把中国传统的‘士’与近代欧洲的‘知识分子’比较，指出古代中国的“士”与西方知识分子极为相似，都是“社会的良心”，是“人类的基本价值的维护者”。其著作和独立剩余在八十年代对中国大陆学界的刺激，如同他的“反智论”在戒严时期的台湾所发挥的思想冲击一样重要。
2001年从普林斯顿大学荣休之后，他与中国海外华语学界学术交往频繁，但几乎放弃了英文写作而致力于中文，也是其坚持与中国学者和公众交流的方式。因无法返回中国，中国大陆自由知识分子和学术界人士赴美，多会寻机前往其普林斯顿家中访问。
曾对余英时做过专访的媒体人罗四鸰向BBC中文回忆，余英时在2018年4月，亲笔为大陆媒体撰文，谈中国史学危机问题，强调“写史必须用‘直笔’，不能隐藏或歪曲事实，是中国最古老的传统之一。
余英时写道：“1949年以后，历史课本便越来越走向宣传的路。到了1966年所谓‘文化大革命’，历史则完全变成了意识形态的工具，用谎言来抹杀事实真相已成为常态。今天作为大学中意识形态课程之一的‘中国现代史’便是彻头彻尾的伪史。中共已正式宣布对于毛统治下的30年不许有任何负面的评论，对于毛死后至今的三四十年更不许稍有“妄议”。试想在这样的状态下，今天青年学生所能接触到的，究竟是什么样的‘历史知识’呢？”
生于苦难
余英时1930年1月22日在天津出生，据其回忆，幼年学习接受现代教育的小学、中学与老式私塾，尤其是在1937至1946年之间，返回祖籍安徽潜山躲避战火的时期。12岁之前在乡间私塾受教育，随后去中国文化重镇桐城上初中，有一年在与舅父生活。
余英时很在意自己儿时这段经历。在他的回忆录中说，自己“有系统的记忆从这里开始的”，自己“父亲这一代离乡外出，但根在故乡”，又说，父亲余协中所编的一套《西洋通史》成为了他学习历史的启蒙。
他在安徽乡间见闻的“新四军”令其心生厌恶，而其在沈阳最初接触到的共产主义宣传和随后对共产主义思想的自我探索，并未令其完全接受共产主义。
余英时说：“我一开始便认定‘自由’是现代社会和个人所不能或缺的中心极致。当时许多人都讨论美国总统罗斯福的‘四大自由’，我是完全同意的。”
余英时其后先后入读辽宁沈阳私立东北中正大学与北平燕京大学。但1949年中共建政，余英时渐生去意。
1950年元旦日，余英时入境香港探望父母，自此留下来，更入读史学家钱穆创办的新亚书院，跟随他学习，1952年成为新亚书院首届毕业生。新亚书院后来成为香港中文大学创始单位，一直维持至今。余英时的毕业证书目前仍存放于新亚书院钱穆图书馆。
1955年，余英时获保荐到美国哈佛大学，作为哈佛燕京学社访问学人。他在哈佛学习的生涯由此展开，后来师从汉学家杨联陞教授，1962年取得哈佛博士学位，七年后获哈佛聘任为中国史教授。
1973年，余英时教授重返香港，担任中文大学副校长兼新亚书院院长。当时中大奉英属香港立法局决议，要把学校架构从“书院联邦制”改成中央集权，余英时被任命出掌改制工作组。改制引发恩师钱穆等九位中大校董辞职，余英时返回港中大仅仅两年便返回哈佛执教。
此后，余英时先后在密歇根大学、耶鲁大学等院校讲学，最终回到普林斯顿大学，直到退休。
他毕生著作众多，包括《士与中国文化》、《中国近世宗教伦理与商人精神》、《朱熹的历史世界》、《重寻胡适历程：从日记看胡适的一生》、《方以智晚节考》和《论戴震与章学诚》等。其中，《汉代贸易与扩张：汉胡经济关系的研究》（Trade and Expansion in Han China）一书影响最为深远，香港中大形容是“驰誉学术界”的作品。
台湾中研院形容余英时“专长以现代学术方法诠释中国传统思想，为当代最具影响力的华裔知识分子，在中国历史、尤其是思想史和文化史方面所作的研究，皆扮演开创性的角色，西方学界皆推崇其为21世纪中国史学之泰斗”。
2014年，香港雨伞运动爆发后不久，传出余英时在中国大陆被封杀的消息，其所有著作和言论在中国几乎无法再公开出版。
余英时一生获奖无数，1974年获选为台湾中研院院士，1978年获香港中文大学颁授荣誉博士学位，1992年获颁香港大学名誉文学博士，2004年获选美国哲学会（American Philosophical Society）院士，2006年获颁美国国会图书馆克鲁格人文与社会科学奖（John W. Kluge Prize）终身成就奖，2014年获颁唐奖汉学奖。
作为一位学者，他曾形容自己不希望被人崇拜。他在2014年9月到台湾出席唐奖颁奖礼时对《天下》杂志说：“我绝对没有做教主的意思。但我了解年轻人都会佩服当代人，我想这是年龄问题，只要你知识到某个程度，慢慢就可以知道。”
“就像我跟我老师钱穆，我一直到现在尊重他，但我跟他不同的地方也很多，别人也看得出来。之所以有不同的意见，就要发挥他，把他的想法往前推。”
2006年11月，在接受中国广州《时代周报》采访时，余英时曾说：“在这个时代我能做什么，那就是做自己。我没有英雄崇拜主义，也不会自愧不如……我只有一点对中国文史的底子。总而言之，尽力完成自我，同时也知道尊重别人，这就是所谓‘博学知福’，即做一个有尊严的知识人的最好办法。”
“我在哪里，哪里就是中国。”
余英时长年对中共统治作严厉批评。2013年中共已故领导人毛泽东诞辰120周年之际，余英时接受BBC中文专访。他说：“共产党到上海来的时候我就在上海，一般的民心并没有向它，只是无可奈何，只有看它发展了。也没有特别对它有什么畏惧，但（国民党）已经守不住秩序了。所以就是无可奈何之下非接受不可的命运，并没有什么像共产党所描写的那样很多人欢天喜地。”
余英时在该次采访中还形容，“如果没有日本人的侵略，毛泽东是不可能成功的”，“知识界的人被他拉拢去了，这是左倾思想共产主义思想在中国起的作用。但不是以共产主义为号召，而是以民主自由这套东西为号召。他们认为是新民主主义的问题”。
“毛泽东唯一的一个政治遗产就是一个强人把整个中国抓在手中，想怎么做就怎么做。这个遗产他们今天没有一个人能够继承，所以他们只是想往而已。因为现在共产党内部显然有问题，有不同的势力，不同的做法。中央对地方的控制也有限了。所以在这个情况下之下，（现任中共总书记）习近平大概就希望能够有毛泽东那样的权力，这就是他所谓的遗产，但这个遗产他们没办法抓到。”
余英时离开中国后，只曾在1978年随美国学术代表团访问大陆。但他在1985年的散文《我的中国情怀》中说：“尽管29年后化鹤归来，发现‘城郭如故人民非’，我的‘中国情怀’不但未曾稍减，似乎反而与日俱增。正因如此，我才不能忘情于故国，而往往要以世外闲人，与人话国事，说些于己无益而又极讨人嫌的废话。”
1996年，余英时出席普林斯顿中国学社（Princeton China Initiative）一场有关文化大革命30周年的座谈会时曾说：“民族主义是造成文革乱局背后的一个重要力量，是义和团运动的扩大再版。要警惕文革这一大套东西，还有可能要借民族主义还魂。”
“文革是有人组织操纵的，参加者都以为自己有自由意志，但其实这个‘自由意志’不过是‘假意识’。今天正在跃跃欲试的新‘文革’也是如此，背后有一批人在组织策划，个别参加的人自以为是为‘爱国’行动，历史的真相将来一定会暴露出来。”
这次演讲内容后来被整理成《警惕文革一套借民族主义还魂》一文，收录到香港《明报月刊》1996年6月号当中。
1989年天安门学运爆发时，余英时曾活跃发言支持。2013年他对《联合报》报系北美《世界日报》评论说：“我认为‘六四’不存在‘平反’的问题，只要中共政权存在的一天，他们永远不会面对六四问题，否则他们就垮台了，而且六四也不应叫‘平反’。”
“‘六四’后很多人认为中共很快会垮台，但他的组织太厉害，这里面也有个气数问题。”
2018年，余英时接受端传媒专访时又曾说：“今天已不可能出现‘六四’前几年的‘文化热’了，知识人处于社会边缘的地位，不再能扮演思想导师的角色。”
“我虽然看不出中国现状如何改变及何时改变，但我仍然坚信目前的极权统治并不是铁打的江山，因为存在着内在的不可克服的致命因素。无尽无休的集体抗议，每发生一次都会引起一点负面的作用。思想言论自由的全面禁绝，又切断了学术和教育的进路，整体文化势将越来越停滞不前。极权体系在短期内也许可以维持一种表面上的‘稳定’，但是暗地里却在不断弱化之中。”
余英时也常对台湾时局有尖锐评论。2006年从新泽西州前往华盛顿接受国会图书馆克鲁格奖时曾对《联合晚报》说，台湾政局确实混乱，但乱只是一时的、人为的，且“人病而非法病”，“是人的问题大于法的问题”，只要台湾坚持民主自由，继续走民主自由的路，一时人出了问题，经过选举换人，还有机会拨乱反正。当时，民进党的陈水扁第二个台湾总统任期过去了一半。
2008年6月30日——中国国民党马英九就任总统后一个多月——余英时到台湾演讲时，赞扬台湾经历政党轮替，以选举选出自己的政府，不仅权威的政党遭到推翻，新政党可以执政，如今旧政权又能回头执政，这样的民主成就是相当不容易的事情，也是过去中国思想难以想像的。台湾和香港相较中国大陆，社会没有经过像文革般的激烈的暴力摧残，风俗习惯文化能够具有延续性，更有条件可以推动民主。
2013年，香港“占领中环”抗议运动尚在酝酿，余英时投书香港《苹果日报》说：“公民抗命不但有伟大的过去、光辉的现在，而且更有无限的未来。参与公民抗命，是现代人的光荣而神圣的责任。争取特首普选，关系着香港所有公民的未来，他们的人权、自由、生命尊严等等核心价值，都必须在过了公平普选这一关之后才能有着落。”
“在缺乏任何其他有效途径的情况之下，公民抗命、占领中环无疑是争取普选的最重要的手段。”
2014年9月余英时准备赴台领奖时，“占中”抗议如箭在弦，香港《苹果日报》再次引述他说：“我想‘占中’不能说不占了，你现在不占，不是更糟糕吗？”
“你不能说：我就算了，我无办法了，我就做顺民好了，听你的话。那就更糟糕，那就永没有翻身的日子了！”
余英时曾对《世界日报》说他不愿回去中国的原因：“第一我不喜欢热闹，如果我回去，到处开座谈会、演讲，我受不了，我现在也不谈政治。第二基本上是价值问题，这与六四无关。但要我否定自己所有一切才能回去，并不心安理得，我首先就看不起自己了。”
“如果中共放弃一党专制，我马上去。”
最终，余英时并未盼到这一天。但或许正如他晚年经常被引用的一句话，在余英时心目中，“我在哪里，哪里就是中国”。
