长征是1934年10月开始的，其实，如杨尚昆回忆（《杨尚昆回忆录》，中央文献出版社2007年版），早在这年4月广昌失守后，临时中央就已开始由“御 敌于国门之外”转向战略转移了，但这项准备工作是由博古、李德、周恩来组成的“三人团”秘而不宣地进行着。到了突围前夕的5、6、7月份，临时中央又展开 三大运动，即突击“扩红”、突击征粮、突击肃反。其间，邱会作因为参加撤退前的秘密工作，险遭处决。
1934年6月的一天，时任中央苏区军事工业局党总支书记的邱会作被周恩来紧急召见，要他去完成一项特殊任务，把几处兵工厂、药品材料厂和几个仓库一律炸 掉，另外把大量的浮财埋掉，仓库的东西可以迅速分散，分散不了的就必须毁掉。这些事情要处理得干干净净，绝对保密，无论如何也不能让当地人和工人们察觉。 要是传出去，就会动摇根据地军民的士气，对斗争十分不利。周恩来特别叮嘱，对兵工厂的处理可能会比较困难，最好夜间行动。这是最高机密的工作，如有泄密， 军法不容。当时，还有政治保卫局的一个警卫班一起参加任务，说是协助，其实是监视。
完成任务一个月后，第五次反“围剿”的形势更为严峻，但红军内部的肃反也更加严厉了。10月初，就在红军长征即将开始时，国家保卫局已将邱会作牢牢控制 住，寸步不离，因为邱掌握着红军的全部实力情况，又知道红军转移前的全部绝密，他们怕邱“开小差”，会给革命带来重大损失。国家政治保卫局已开会研究过， 是否把邱会作“彻底保密”掉（即秘密杀害）。（当时别说国家政治保卫局，就是各部队的保卫局都可以随便杀人，多少人就此成为肃反扩大化的刀下冤鬼。）
到了黄昏，突然闯进来几个人，国家政治保卫局执行部部长张炎和展示了局长邓发签署的处决令，然后把邱会作当死刑犯绑了起来。邱连呼冤枉，但没有用。也是邱 命不该绝，就在押往行刑场的路上，正好碰上周恩来、邓发，还有邱的直接上级、红军供给部部长叶季壮。三人骑着马迎面而来，叶季壮见此情形大吃一惊，立即询 问周恩来怎么回事。周恩来也有些惊愕，但没有说话，只是面向邓发探询，但邓发却向周恩来挤挤眼睛，意思是按老规矩办。这时，邱会作则死死盯着周恩来。周恩 来略加思考后对邓发说：“他还是个孩子，交给叶季壮带回去吧！”这样，才给邱会作松了绑，他跟在叶季壮的马后，一溜烟跑回了供给部。
邱会作在晚年回忆这桩事时，还颇为感慨地写道：叶季壮一个争辩，周恩来一道命令，把我的脑袋保留下来了，让我多活了70年。事后，周恩来带着邱会作一起参 加长征，并交代他要对曾险遭处决一事绝对保密。直到几年后在瓦窑堡红军总部一次聊天时，李克农问邓发：“长征临出发前，你为什么要把邱会作抓住杀掉，难道 就是因为他多知道了些机密吗？要不是周副主席，阎王那里就多了一个鬼。”邓发略有羞愧地对邱会作说：“那件事的起因你都知道，幸好没造成千古之恨！”周恩 来听到这里，就插进来解释说：“离开江西之前，杀了一些不该杀的人，当时我们都有责任。没有杀他，是叶季壮坚决不同意，否则要等杀掉之后才汇报上来，那就 晚了。现在大家对乱杀人的事很痛恨，这是我们党一个最为惨痛的教训。”后来在延安，周恩来对邱会作提起这件事，还在说：“你当时直盯盯的眼睛望着我，给我 的印象很深！”
长征出发前，肃反的步伐加快，邱会作所在的供给部有几个领导干部也被杀害了，恐怖气氛相当厉害。那时国家政治保卫局就是“活阎王殿”，想要谁死是轻而易举 的事。从1930年开始杀“AB团”，到1934年开始自己杀自己，一些所谓“不可靠分子”，如宁都暴动起义过来的红五军团的一些干部，不少都惨遭杀戮， 连红五军团总指挥季振同都被冤杀了。邱会作可说是侥幸从左倾屠刀下捡回了一条命，他对苏区肃反扩大化是有着切肤之痛的。
