新冠疫情正在加剧日本的港口竞争力下降。在海上物流混乱趋于长期化的背景下，海运公司对停靠在货物量较少的日本持消极态度，集装箱船在日本主要港口停靠的数量2021年创出2000年以来新低。在开往美国主要港口的直达航线减少的背景下，货主不得不改为经由韩国等国际枢纽港运输，很难预测运输天数等问题也浮出水面。
观察国内主要的东京港、横滨港、名古屋港、大阪港和神户港的远洋集装箱船的停靠数量，2021年比上年减少8％，比疫情前的2019年减少12％。2022年1～4月比上年同期减少7％，按照这个速度，预计2022全年将连续3年创出新低。
背后原因是全球集装箱物流的混乱。由于疫情下旺盛的居家消费需求和劳动力短缺，在美国和中国港口发生了最多时超过100艘的拥堵事件。航行日程大幅延迟，海运公司不得不跳过原本打算停靠的港口。中国和韩国等世界主要港口维持存在感，另一方面，日本则容易成为取消停靠的候选港口。
集装箱运输本身依然活跃。尤其是亚洲10个主要国家和地区运往美国的运输量正在增长。美国调查公司Descartes Datamyne的统计显示，2021年达到2052万个（换算为20英尺集装箱，按母型船装货港计算），与疫情前的2019年相比增长25％，创出大幅增长。2022年1～7月也同比增长4％，维持增长态势。
另一方面，日本发出的集装箱2021年比2019年大幅减少16％，占整体运输量的份额降至1％左右。2019年第7位的排名在短短2年后降低第9位，地位明显下降。
大幅丧失份额的原因之一是从日本出发的直达航线的减少。日本邮船、商船三井和川崎汽船这3家企业于2017年在新加坡成立的集装箱船业务公司“Ocean Network Express（ONE）”2021年停止了从日本发往美国东海岸的直达航线。ONE表示“将日本视为最重要市场”，但由于疫情导致船只短缺，在主要港口分散在各地、揽货费时费力的日本越来越难维持服务。 日本的海运相关人士认为，“直达航线在疫情后无法恢复的可能性很高”。此前生产基地向海外转移等产业结构的转换导致了日本港口的地位下降。但是疫情正在加剧海运公司“远离日本”。
随着直达航线的减少，日本的货主不得不选择经由他国转运。显著的是韩国和新加坡。Descartes Datamyne的统计显示，2022年1～6月直达航线占日本出发货物的比率降至61％，同比（71％）下降10个百分点。约4成货主不得不经由他国运输。
日本财务省指出，转运增加让“交货期趋于长期化，存在降低日本制造业竞争力的风险”。尤其是疫情下，船只在港口严重拥堵，随着停靠地的增加，运输天数难以预测，库存管理的难度随之加大。如果集装箱的装卸次数增加，货物破损的风险也将增加。
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日本国内的大型精密机器企业表示，“如果在韩国的釜山港转运，将额外多花2～3天时间。同时无法保证与竞争对手的韩国和中国企业在物流上享受同等条件，这是很致命的”。此前，日本的港口竞争力下降更多的是因为制造业衰退。但由于疫情的新常态，集装箱船加速远离日本，导致制造业地位也进一步下降。日本正在陷入这一恶性循环。
