在神宗一朝，发生过多次兵变，比如万历十年的杭州兵变，十一年的广东罗定兵变，十三年的四川建武兵变，十五年的浔阳兵变，十六年的甘肃兵变，十七年云南永昌兵变，万历十九年，京营的士兵甚至在长安门闹事，相比之下，万历二十三年这场兵变似乎算不上什么大事。换句话说，这不能算是兵变，只能算是谋杀式的镇压。
兵变主体是镇守北边重镇蓟镇的南兵，也就是通常被称为戚家军的部队。万历二十三年十月二十日，蓟镇三协的南兵由于长期欠饷，群情激奋。蓟镇总兵官王保将他们骗到演武场诱杀。不久之前，还在朝鲜平倭战场叱咤风云的抗日英雄，却被集体屠杀。被杀的南军人数，各类记载中人数不一，从数百人到3300多人不等。
在前后两次出征朝鲜时，南兵都是给朝鲜军民最好印象的明朝军队。除了作战勇敢，还不扰民，军纪极佳。朝鲜人对吴惟忠所领的南兵，是众口一词的称赞，在入朝明军中口碑最佳，战功卓著，这是一支功勋部队，统兵的将领吴惟忠、骆尚志、王必迪三人被称为“南兵三营将”。
蓟镇南兵即是吴惟忠部所统的征倭浙兵，出征后有所损失，仍然补满兵员，共计3700多人。
到了兵变发生过后的两年，第二次抗倭援朝开始，兵部仍然调派吴惟忠统领南兵入朝抗战，但这时南兵的数字有了巨大缺口，已不到2000名，减员将近一半，需要再招募1785人凑足人数。如果对照这个数字来推算，在兵变中被杀的南军人数应当在1700-2000人之间。
表面的原因，主要就是“要赏结聚”“挟增月饷”，就是说索要欠饷，聚众闹事。明朝中期的军饷，募兵制一般是每年十八两。但是东征援朝是出国作战，有所不同。
当时经略军务的宋应昌将南军的军饷提高了一倍，达到了一年43两左右。宋应昌在职的时候，都是按此标准执行，问题是他在第二次抗倭援朝战争前被解职，截止被解职时，军饷并未全部按期发放，这成为了隐患。
南兵闹事的原因，并非全部是军饷，还有第一次入朝作战时该得的赏金，大家都是提着脑袋拼命去的，仗打赢了，事先答应的赏金却迟迟没有，这当然让人寒心。
宋英昌优待入朝士兵，这是好的，能提高士气，激发战斗力。但他离职时没有做好善后，宋英昌自己也在给内阁首辅王锡爵的书信中说：平壤首级大功未赏，各军志意似不如前，是人事不在我，幸相公留意焉。
欠饷本是军中常事，士兵不满乃至闹事也并不鲜见，为何立下汗马功劳的南兵会被屠戮？这牵涉到另外一个方面的问题：军中的南北之争。
南兵都是戚继光从浙江招募的子弟兵，前后共有二万余人。在第一次抗倭援朝战争中，吴惟忠率领蓟镇3700多南兵参战，表现出色，有目共睹。
朝鲜人在《朝鲜宣祖实录》中如此评价南兵：
但是，军队的统帅李如松，是北军的灵魂人物，他在战后的军功分配上，明显偏向北军，把原来南军的战功按到北军头上，比如平壤的“首叙”之功，是吴惟忠奋勇先登，结果到了最后，被归到了北军将领杨元头上。
不得不说，李如松这手做得不地道。南兵将领王必迪甚至直斥李如松“不智不信不仁”，下级当面斥责上级，可想而知南兵的愤怒。
南兵没有得到公正对待，事先许诺的奖赏也不到位，明军内部北兵与南兵之争愈演愈烈，碧蹄馆之战后，李如松战意消沉，没有进一步的军事动作，这是一个重要原因。
戚继光为何特意要将南兵调到蓟镇，就是想以此作为垂范，整顿北兵的风气，籍此来练兵，戚家军的军纪有目共睹，即使在之后出国的远征中也同样如此。但这样做，必然会伤害部分人的利益，同时也造成南北兵之间的矛盾，戚继光在的时候，还不至于表现得很明显，等戚继光去世以后，裂缝就越来越大。
南北的争端，并不局限于军中，朝堂之上，也是如此。张居正、戚继光去世后，继任者多是北方人，多少会偏向老乡。等支持南兵的宋英昌被罢官后，南兵更加势单力孤，无人为他们说话，前面答应的饷银，更是不知找谁去要。
蓟镇总兵王保，当然就是北方人。
所以，蓟镇兵变的爆发，就是南北矛盾的爆发，在这次兵变中，缺少支持的南兵被心怀怨恨北方军官诱杀，随后扣上个谋反的罪名，这才是事实的真相。不过如果再往深层次探究，这就反映出明朝军队制度乃至政治制度的弊端。
明朝军事，从起初的军户制到随后的募兵制，发展到万历晚期，已经运行得越来越艰难，从根源上，又与财政息息相关。仰赖张居正改革十年间，国库得以充实，不过三大征一打，就再也没有恢复。
“皇帝不差饿兵”这个说法，估计深居皇宫的万历没有听说过，崇祯应该也没有听说过，正是他们不断的差“饿兵”，“饿兵”都变成了“贼兵”，最后，大明终于亡于“饿兵”手里。
蓟镇之变，其实可以看做是对万历，对明帝国的一个警告。身为九边重镇之首的蓟镇出了这样的事，一定是哪些制度、哪些环节上出了问题，这样继续下去，大明帝国很危险！
可惜，万历和群臣选择性忽略了。这件事的罪魁祸首蓟镇总兵王保，事后受到了什么追究都没有，王保随后替代董一元镇守辽东，卒于任上，死后赠左都督。
南兵将士们半年前刚刚为国家远征归来，在异国土地上扬名立万，在战争中奋勇当先。可是，这些军人，没有在战场上死于日军枪林弹雨，却在驻地被自己长官诱杀。国家就是这么对待功臣的？这是人干的事吗？
蓟镇之变后，戚继光花费十六年，苦心积虑构筑的防线很快失去了作用。三十多年后，皇太极指挥清军长驱直入，大明的北边各重镇不堪一击。在清军面前，它们仿佛已失去了屏障作用，只剩一道道边墙。这样的大明不亡国，天理难容。 这是万历二十三年，再过49年，明朝灭亡。
