恶意利用免签制度、乘坐游轮入境日本的外国游客失踪的案例接连发生。从日本开始实施该制度的2015年到2018年6月底，失踪人数合计达到171人，帮助游客偷渡的蛇头的存在也浮出水面。日本警察当局提高警惕称，“（游轮旅游）可能成为非法就业的温床”。
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“人数对不上，有2人不见了”，2017年4月，从中国上海出发抵达博多港的游轮乘客中，中国籍男女各一人不见了踪影。这两人与数十名中国游客一起乘坐大巴到福冈市内观光。在景点之一的太宰府天满宫解散后自由活动，但未在规定的集合时间返回，旅行社向福冈县警方报警。
据相关案件调查人士透露，2人与负责帮助游客偷渡的一名女性碰头。然后乘车到JR博多站，并乘坐新干线前往东京。据称，2人最终抵达茨城县内的车站，与另一名中国籍女性会合，随后的行踪不得而知。
日本茨城、福冈两县警方2017年7月以涉嫌辅助违反《入管难民法》（获得船舶观光上陆许可证的外国游客逃亡）以及违反该法（接收、输送集体偷渡者）等为由逮捕了2名女性。关于两人的行踪，她们坚持声称“不知道”。
失踪的2人入境时使用的是日本政府2015年1月导入的“船舶观光上陆许可制度”。该制度可以节省游轮访日游客的入境审查手续。目的是随着游轮访日游客的增加，缩短审查时间、提高便利性。访日游客只要满足乘坐同一艘游轮出境日本、提供指纹信息等条件的话，无需签证和拍摄脸部照片即可被允许入境。最长可在日本停留30天。
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据日本法务省入境在留课透露，该制度下入境的访日游客2015年约为107万人次，2016约为193万人次，2017年约为244万人次。利用该制度，可以大幅缩减入境审查时间。另一方面，最终没有回到船上失踪的非法滞留情况也出现增加。据称，相关人数方面，2015年为21人，2016年为36人，17年为79人，逐年增加。2018年截至6月底已有35人失踪。
失踪多发生于中国与日本九州地区之间的航线。一位案件调查部门人士表示，“帮助偷渡的中介组织可能一直在暗中活动，但我们尚未完全掌握实际情况”。
受这一事态的影响，日本法务省要求严格确认游轮公司提前提交的乘客名单，开始积极寻求对策，要求出现人员失踪的游轮公司杜绝再次发生此类事件。
不过，2017年采用游轮方式访日的外国游客达到253万人次，猛增至2013年（17万人次）的14倍。日本政府提出到2020年举办东京奥运会时，将达到500万人次，失踪人数也可能进一步增加。据法务省的负责人介绍，虽然非法滞留人数占整体的比例微乎其微，但“为了保护制度的可信度，希望彻底进行指导”。
