孙中山倡导宗教信仰自由，倡导居住、言论及财产自由。这四项自由权利随着孙中山的辞职而逐渐消失。当时有一位法号虚云的高僧曾预料，各省军阀会推翻孙中山创建的自由保障，使中国的秩序陷入混乱。果然，各地军阀在孙中山辞去临时大总统之职后，任意横行，全无法纪。
虚云劝诫大军统帅
当时，在追求全然西化的思潮之下，社会上掀起了毁坏寺院道观的风潮，云南大理鸡足山一带的寺院也遭到毁坏。那时，李根源掌握云南军队大权，他憎恶僧侣不守清规戒律，于是亲自带军赶赴山中，用武力驱赶僧人，拆毁寺院，甚至射杀僧侣。并宣称要抓捕虚云和尚。
虚云和尚是光绪皇帝御封的祝圣寺住持，他遵奉戒律，克己极严，因其道行深厚，常行神迹。他曾在八月酷暑天，为遭受疫虐的大清百姓祈得一场大雪，感动得慈禧在雪中对他跪拜。
李根源率领人马在悉檀寺驻军。仅仅数日，军队就摧毁了佛殿、天殿以及金顶峰的鸡足大王铜像。虚云见事况紧急，于是独自一人来到李根源军中。守卫见是虚云，就苦苦劝阻，不让他进去，让他快逃，虚云不顾，径直走进军中。
当时李根源正与四川前任布政使赵藩坐在大殿内，赵藩深知虚云道行高深，以礼相待。李根源则对虚云厉言厉声，呵斥道：“修佛有什么好？”虚云恭谨答道：“古代圣人设教，向来济世利民，劝化世人为善去恶！从古至今，以文政治理国家，以佛法教化百姓。佛法首先教人治心，心为万物之本，诸善诸恶皆从心而生。心正，则万物安宁，天下太平。”
李根源听后收敛了怒色，又问：“这些泥塑木雕有什么用？白白浪费钱财。”虚云说：“这是借助泥塑木雕表现神佛的庄严慈悲，使众生心生敬畏。人若没有敬畏之心，就会无恶不作，会铸成大乱大祸。无论中国的泥塑木雕，还是海外各国的铜像，都是为了使人见而生善，心归良善。”
李根源面露悦容，命左右取来茶点招待虚云。又接着说，他看到很多和尚，不是在做好事，反而做很多怪事，成为国家的废人。虚云说：“和尚只是一个通称，有圣凡之别。不能见到一两个不好的僧人，就驱逐全部的僧人；也不能见到一两个不肖的秀才，就大骂孔子。今日先生统兵军纪严明，但岂能人人都像大帅一样聪明正直？大海不嫌弃小鱼小虾，所以蕴涵辽阔博大。僧侣资质不同，但若能坚持修行，潜移默化，天长日久，必会去掉劣根，并非全部都是废人。”
李根源听到此，露出喜悦的神情，请虚云接着讲下去。其间，李数次俯首致敬，笑逐颜开。当晚，李根源诚意挽留虚云共进晚斋，与他秉烛夜谈。谈话结束后，李根源懊悔叹息：“原来佛法如此广大。但我杀害僧人摧毁寺院，罪业很深，怎么办？”虚云劝慰道：“这是一时风气所致，并非全是大帅之过。如果今后大帅能全力保护僧人寺院，同样会有大功德。”李根源得知救赎有望，当下释怀。
次日天亮，李根源随虚云前往祝圣寺。沿途，但见鸡足山大现金光，从山顶一直到山麓，草木全部都成为金黄色。相传，鸡足山有三种光，分别是佛光、银光和金光。佛光每年都有，而银光和金光，从开山以来，人们仅见过几次而已。李根源当时非常感动，当即向虚云敬执弟子之礼，请虚云担任鸡足山大小寺院的总住持。（注：出自《虚云和尚自述年谱》）
孙中山题匾“饮光俨然”
李根源停止毁寺，转而修建佛学院，并常施舍药物于民众。之后，虚云启程前往上海。因上海佛教会制定的新章程，与各方均有抵触。虚云此次前来与众人斡旋，并在南京会见孙中山先生。
孙中山在和虚云的谈话中，讲到他主张学习海外的民主制、新科学来救中国，也主张要保全中国故有的传统文化，以着手建立新的道德标准和中华民族的传统文化思想。他也认为，一些传统的“迷信”应该剔除，譬如符咒治病、奢侈祭祀、藉神佛诞辰大肆焚烧香烛或敛财，或以人为牺牲，这些陋俗都应革新。
虚云说，世人媚神，混乱了真正的佛教信仰，使人误解了信佛的本质。
孙中山认为基督主张博爱、施予，佛陀主张慈悲、施舍；基督教人要爱你的敌人，佛陀教人要怨亲皆平等；基督说天国就在心中，佛陀说法由心生；或许基督教和佛教本来同源吧，所以反对各教之间的攻击，甚至为此发动战争。
虚云感佩孙中山对宗教的开明态度。他讲到西洋教廷有一本禁书，即耶稣门徒彼得撰写的《水上门徒行传》，书中提到，耶稣十八岁后，曾在印度研究佛法十余年，后经波斯、土耳其，回到以色列传法布道。虚云认为佛教和基督教同源。
虚云所说之事，令孙中山感到惊讶，他说，如果《水上门徒行传》还有流传，他一定会进行研究。
民国二年，即公元1913年，孙中山为虚云和鸡足山祝圣寺题匾“饮光俨然”。饮光，是释迦牟尼弟子大迦叶的名字。大迦叶的前世是一位冶金师，就是融化金子、塑造金佛的技师。因他虔诚供奉神佛，出生后，福报很大。不仅出身富贵，家族富可敌国，而且相貌仪态非常出众。大迦叶出生时，身上放出紫金色光芒。因他的紫金光能够消没一切光明，犹如把其它的光都给饮去了一样，因此取名“饮光”。
游普陀山奇遇
孙中山对待宗教秉持开明的态度，而他本人也曾亲眼目睹神迹，并且亲笔署名记载下来。
孙中山撰写的碑文《游普陀志奇》中讲道，民国五年八月十五日，他和胡汉民、邓曼硕、周佩箴等人观察象山舟山军港之际，顺道游览普陀山名胜古刹。孙中山登临佛顶山天灯台，凭高远望，俯仰之间大有宇宙在手的气概。环望四周，孙中山遥遥看到寺前矗立着一座高大的牌楼，鲜花环绕，似成织锦，宝幡随风舞动，非常壮美。又有数十位奇僧，悄悄地看着，似乎是在迎接远方的客人。又见一圆轮，盘旋著飞速转动，分辨不出是用什么材质做成。孙中山正暗自思忖圆轮依靠何种力量转动时，忽然，眼前的景象消失得无影无踪。
孙中山问其他同行之人是否看到这一奇观，均答没有。孙中山深感惊奇，便亲笔署名记下此事。
大千世界广袤无垠，因它没有嫌弃众生的偏见，从古至今神迹从未停止它的踪迹。而人却会因自己的观念，遮挡浩瀚之外的无限天地。
