奥密克戎疫情在日本国内迅速蔓延，除了医疗外，其影响也开始扩大到公共服务以及学校与托儿所停课放假等生活基础设施方面。要维持社会功能，必须采取灵活的应对措施，比如进一步缩短密切接触者的隔离时间等。
在位于北海道东部鄂霍次克海沿岸的小清水町，町公所发生了聚集性感染。包括町长在内，共有31人感染，占全体工作人员的3成，上班人员骤减至总人数的五分之一。该町被迫将窗口业务缩减到最低限度，只办理居民票及税务等业务。
虽然奥密克戎的重症化风险较低，但传染性很强，日本全国的单日新增感染人数超过了7万人。日本国立感染症研究所等的分析结果显示，平均每个阳性人员的密切接触者为5人左右。日本的防疫政策要求被认定为密切接触者的人待在家中等场所观察一定的时间，新增感染人数越多，承担社会基础设施工作的人被迫缺勤的情况也就越多。人手短缺导致社会功能运行不畅的例子也越来越多。
在日常生活中不可或缺的金融及交通等公共服务领域，疫情的影响也在不断扩大。总部设在岐阜市的地方银行“十六银行”自1月24日起将东京分行的营业时间调整为上午10点到下午2点，比平时缩短了两个小时。从28日开始，大阪分行也采取同样的措施。日本邮政集团旗下的日本邮政已让全国各地的约40个邮局停止营业，并呼吁人们使用附近的其他邮局办理业务。
名古屋临海高速铁路1月27日宣布，由于司机感染新冠或成为密切接触者，从1月29日到2月13日，青波线（名古屋站～金城埠头站）班次将减少2成。
作为“社会基础设施”作用越来越大的便利店也不例外。在日本全国拥有2万1千家店的7-11进入1月因无法确保员工等，累计有20多家店在部分日期和时段临时停业。
在因人手紧缺而率先陷入紧张局面的医疗和护理领域，相关机构纷纷摸索通过人才互通等灵活应对。
1月26日，在东京都武藏村山市，运营特别养护老人之家的三家社会福祉法人达成了人手紧缺时相互派遣职员的协议。目的是应对职场中感染者及密切接触者增加的情况，可以在同行业之间互通人员。参与协议的“武藏村山正德会”的理事奥下洋平表示“需要日常看护的用户也很多，必须要避免缩小业务。签了协议，就放心了”。
因驻日美军基地发生聚集性感染等导致疫情迅速蔓延的冲绳县通过日本全国知事会从9个府县和1个政令市派来了1名医生、19名护士。虽然冲绳县要求派遣3名医生和50名护士，但难以按要求确保人员。知事会负责人表示，“会继续考虑追加派遣人员，但实际上哪个都道府县都没有派遣医护人员的余力”。
