继东京奥运会后，残奥会也将几乎无观众举办，如何分担经费再次成为大会后的课题。原来预估的900亿日元门票收入大部分损失，还增加了疫情防控对策的支出。在亏损不可避免的背景下，东京都要求日本政府给予支持，但日本政府始终持慎重姿态，怎么解决还不清楚。
在受新冠疫情影响而决定推迟奥运会之前，估算的总经费为1.35万亿日元。在当时门票销售火热的背景下，曾预测收支会出现盈余。
2020年3月正式决定奥运会延期，新产生了疫情防控费用及会场租赁费用等共计近3000亿日元追加支出。结果，在2020年年底公布的奥运会经费涨至1.644万亿日元。
从奥运会的主要收入来看，东京奥组委的全部7210亿日元收入中，国内外赞助商赞助4060亿日元，占到大半。其次是原来预计900亿日元的门票销售额。
但由于疫情防控需要，奥运会几乎以无观众形式举办，残奥会也将采取这样的方针，观众人数大幅减少。这样将失去大部分门票收入。
东京奥组委秘书长武藤敏郎在奥运会开幕前的7月中旬就早早表示会亏损。他说：“虽然（门票收入）不是零，但无疑会骤减至几十亿日元左右。收支肯定不平衡”。
在确定候选举办城市时，曾确定奥运会产生的损失由举办城市承担。
不过，东京都为了防控新冠疫情已投入5.45万亿日元。东京都的财政调整基金（相当于东京都的存款）也从约9300亿减为2383亿日元（本年度末的预测值），已经没有进一步给奥运会提供资金的余力。
还有数据表明，东京奥运会的亏损额将超过1000亿日元。东京都的官员表示，“无法轻易填补亏损”。东京都知事小池百合子此前也表示，“需要（与日本中央政府）协商”。
日本中央政府对于分担经费态度慎重
日本财务省的官员表示，“按照规则，理所当然由东京都填补亏空”，对东京都的动作进行了牵制。这名官员还指出，“虽然我们知道东京都财政状况严峻，但这很难作为东京都不付钱的理由”。
日本奥运相丸川珠代在8月10日的记者会上表示“还有残奥会。还要看残奥会的情况”。
在近年的奥运会中，虽然2012年的伦敦奥运会实现了3000万英镑盈利，但接下来的2016年里约奥运会围绕由谁填补亏损产生了混乱。
东京奥组委将存续到2022年6月，2021年度内将确定收支进行结算。
