自蔡英文总统9月5日宣布，将由台南市长赖清德接任林全担任行政院长后，除了内政议题外，他对台湾前途、两岸关系的态度与说法一直都是媒体关注的焦点。
在立法院的质询中，国民党、民进党、亲民党与时代力量党等各种政治光谱的立委都没有错过这个机会，相继向赖清德提出涉及宪政改革、国家定位、两岸关系的问题。
国民党立委林为洲在提到蔡英文总统在民进党全代会表明将推动宪政改革的问题时问赖清德，究竟他所主张的台独是何意涵？
赖清德说：“我是一个主张台湾独立的政治工作者，我也曾经在台南市议会讲过，不管我担任哪一个职务这都不会改变。”
国民党立委王惠美立即接着问说，那么究竟赖清德的立场是台独或亲中爱台？
赖清德说：“我要讲的是，台独的主张与亲中爱台并不违背，因为亲中爱台是以台湾为核心，表达对中国亲善的态度、伸出友谊的手。我们当然也希望求同存异，透过交流增进彼此的了解、理解、和解、谅解，然后和平交流，所以是并行不悖的。”
另外，在与赖清德全程以台语进行的30分钟问答质询过程中，时代力量党立委林昶佐说，看到星期天发生在台湾大学的“中国新歌声”事件，就不难知道现在台湾年轻人为何会被称为“天然独”，因为大家都盼望有一天台湾能成为一个“正常、健全和有尊严的国家”。
林昶佐说，他在立法院提出许多关于“国家正常化”的提案，与赖清德十多年前在立委任期提出的案子非常类似，但目前在立法院还是完全无法推动。他说，赖清德当年对于追求国家正常化的问题相当“坚持”，如今担任行政院长，是否有具体做法或时间表来实现此一目标。
赖清德答询时说：“我们知道这是我们大家共同的愿望，但现阶段的两岸关系必须在国际关系的脉络下去思考，许多事无法一步就达成。”
亲民党立委陈怡洁则是在质询时提到，在赖清德上任后中国国台办即说过，对赖清德没有期待。赖清德是否认为自己是一个“不被期待的人”？此外，他对两岸之间的关系如何定位？
赖清德表示，“台湾是主权独立的国家，名字叫中华民国”，两岸是“互不隶属的关系”，至于两岸交流的问题，他重申将以蔡总统所说的，以互助、互惠原则，在善意不变、承诺不变，但也不在压力下屈服的基础上推动两岸交流工作。
赖清德还指出，其实两岸都有共同的目标与共同的敌人，应该要彼此共同合作才对，共同的敌人就像是台风、地震或艾滋病、传染病等；共同目标则是要增进两岸人民的福祉。他认为，如果北京当局能够了解这一点，许多事情就能够迎刃而解。
中国国台办发言人安峰山在9月中的例行记者会上曾被问到他对赖清德带领的行政团队有何期许。
安峰山说，无论台湾当局的人事如何变化，中国“重视和关注的是其大陆政策”。他说，在两岸关系方面，民进党当局最需要回答的问题是，两岸关系的性质是什么，“只有承认‘九二共识’，认同两岸同属一中，两岸关系才能重回和平发展的正确轨道。
