台湾行政院发言人童振源周一（5月23日）表示，台湾和日本决定在亚东关系协会与交流协会的架构下，就海洋事务合作建立对话机制。另外，今年7月底前将成立“台日海洋热线”，并展开第一次对话。
前不久，马英九政府派遣数艘巡逻船驶入日本所称的日本专属经济区，以抗议日本海上保安厅在冲之鸟岛（台湾称之为“冲之鸟礁”）海域扣押台湾渔船之举。台湾新总统蔡英文5月20日上任后，决定撤回巡逻船。日方对与蔡英文政府在未来加强合作表示期待。
日本官房长官菅义伟5月23日在记者会上表示：“通过该框架（指亚东关系协会）能够强化日台在海洋合作领域的沟通。日本政府对此也表示支持。”外界分析认为，台湾与日本可能将以蔡英文政府上台为契机，悄然加强关系。
此前，马英九政府不承认日本主张冲之鸟是岛，认为冲之鸟礁并无200里专属经济海域。但童振源5月23日表示，台湾对冲之鸟礁是“礁”还是“岛”的问题上“不采取法律上的特定立场”。