经常从中国人的口中听到一种说法——“日本人就是中国人。徐福从中国带到日本的中国人的子孙就是日本人吧”。每当听到这种说法，笔者都感到困惑。这种说法也许是出于一种亲近感，认为中国人与日本人是拥有相同祖先的同一人种，关系能够更为密切。也许是出于一种优越感，就如同英国人对美国人所抱有的本家意识一样，认为中国才是日本的真正起源。秦始皇为寻找不老不死之药将徐福派往日本的传说在中日两国的许多地方都有流传，但其中很多似乎是后世编造的虚构故事。那么，日本人来自哪里呢？
如果只看相貌，中国人和日本人非常相似，但骨架却一直被认为完全不同。据称中国人的腿部轮廓苗条，与O型腿比例很高的日本人截然不同。过去日本人不吃肉，在榻榻米上生活，因此体型矮小，而且腿也很短。但是，二战后日本的饮食出现了欧美化，生活中也开始使用椅子。由此，日本人的身高变得比中国人更高，近年来年轻人的腿也变得修长苗条。外表上的相貌和体型因饮食、生活环境和气候的变化而改变，因此仅通过外形无法确定祖先。
作为寻找一个民族的祖先的方法，还有分析语言的方式。这是因为，讲述相似语言的民族的祖先很有可能是相同的。学习日语的人都会知道，中文和日语的语法结构完全不同。中文的语序反而更接近于英语和法语。而日语属于乌拉尔-阿尔泰语系，与日语具有相似语法结构的语言包括韩语、满族语、蒙古语和土耳其语等。仅从语言来看，日本人的祖先似乎并非中国人。
那么，日本人是否来自相邻的朝鲜半岛呢？日语和韩语在语法上相似，但在日常生活中使用的基本词汇却不相同。如果除去日本统治时代由日语进入韩语的日本式汉字词汇，这2种语言中相同的词汇并不多。在非常遥远的时代，或许是讲述相同语言的亲戚，但似乎难以断言韩国或朝鲜人是日本人的直接祖先。
语言未必都是从祖先传承给子孙。这是因为，随后到来的强有力的人（统治者）的语言将变成通用语，所有的人都将使用通用语。例如，罗马帝国将领土从现在的意大利扩大至法国和西班牙，在这个过程中，消灭了当地的语言。以拉丁语完成本土化的形式，形成了意大利、法国和西班牙等语言。仅仅通过语言，仍然难以确定祖先。
文化风俗又如何呢？由于相扑等格斗运动的风俗与蒙古相似，有观点认为日本人的祖先是北亚的骑马民族。但是，日本很少存在与马和羊等游牧生活有关的传说和风俗，上述说法有些缺乏说服力。日本人食用纳豆这一让大豆发酵而制作的食品，中国云南省的人据称也非常爱吃发酵食品。因此认为日本人起源于云南省的说法一度很盛行。与水稻种植相关的语言同印度泰米尔地区的语言相似，因此还有说法认为将水稻种植传到日本的人或许来自于印度。上述各种说法都缺乏可靠证据。
日本人的祖先长期以来是一个谜，但随着科学的发展，线索被发现。NHK在最近的节目中介绍了利用DNA分析法寻找祖先的研究成果。据介绍，被称为Y染色体（父系遗传）的DNA分为从“A”到“T”的20个种类。如果具有相同类型的Y染色体，祖先就将是相同的。在中国和朝鲜半岛等亚洲大陆，“O”型染色体是主流，而日本除了“O”型之外，还有很多“D”型。也就是说，日本人的祖先并非全部来自于中国和朝鲜半岛。
除了日本人之外，只有生活在印度洋的安达曼群岛和西藏山区的人具有“D”型染色体。“D”型的人过去曾生活在亚洲，但后来被占据优势的“O”型所取代。“D”型仅仅在岛屿和山区被保留下来的假说能够成立。从这个结果可以看出，首先是“D”型人最早开始在日本生活，之后“O”型人接踵而来，最后形成了混血。
“D”型是被称为绳文人的人种，而“O”型据推测是被称为弥生人的人种。日本的古代划分为绳文时代（公元前1万6000年至公元前约300年）和弥生时代（公元前300年左右至公元后250年左右），但两个时代的主人公似乎有所不同。可能是绳文人首先从现在的印度尼西亚等东南亚地区来到日本，随后弥生人从中国南部、朝鲜半岛来到日本。此外，日本人中还拥有与俄罗斯东部土著居民相同DNA的人。
日本的绳文时代（约为公元前14000年~公元前400年）就居住在日本列岛的人们究竟是从哪里来的呢？最近的研究对在绳文遗迹中发现的人骨进行调查后发现，其DNA与东南亚的古代人种接近。虽然迄今为止有各种各样的假说，但都缺乏科学论证的证据。以遗传信息为基础、解开古代人迁徙路线的研究有望拉开帷幕。
位于爱知县渥美半岛的伊川津贝塚是日本具有代表性的绳文遗迹。2010年在这里出土的大约2500年前的成人女性骸骨成为了这个研究的重要依据。
以日本金泽大学、北里大学和国立历史民俗博物馆为中心的团队小心采集了头骨中仅存的一点遗传基因，并成功解读了全部遗传信息。2018年7月，金泽大学特任助教觉张隆史以遗传信息为基础，发表了关于绳文人起源的研究成果，表示“这是解读绳文人全部遗传信息的首次成果。与东南亚人的遗传信息相比较，找到了研究遗传方面关联的线索。”
研究中的比较对象是现在的亚洲人和8000~2000年前的古东南亚人等超过80人的群体。此前也一直有关于与古代人相关联的DNA研究，但其中得到解读的日本人遗传信息比例很低，只有百分之几，很难进行详细分析。如果能够解读全部遗传信息的话，信息量将会增多，能够进行更深入的研究。
觉张隆史等人着眼于遗传信息的类似性，将研究对象分成了6组。分析结果表明，伊川津贝塚的女性的基因与大约8000年前的老挝遗迹和大约4000年前的马来西亚遗迹中发现的古代人的基因相近，被分类为同一组。
有观点认为，当时的东南亚生活着从事狩猎采集的居民，形成了被称为“和平文化（Hoabinhian Culture）”的文化圈。这个群体的一部分迁徙到了日本列岛。近来有观点主张绳文人起源于从东南亚地区迁徙来的群体，觉张隆史等人的研究结果印证实了这一说法。虽然这一组的基因与其他5组有很大的差异，但也发现了在地理上接近的小组之间有过融合的痕迹。长久以来人们一直相信“二层构造假说”，也就是说，东南亚从旧石器时代开始生活着以狩猎采集为生的居民，由于具有种植稻谷等农耕文化的群体的迁徙而被置换。但从这次的研究成果来看，并不是单纯的置换。觉张隆史认为，“多个群体不断的移动和交流的新框架浮出水面。”
国立历史民俗博物馆的山田康弘教授强调，“基于遗传信息的研究将成为日本考古学的巨大动力”。迄今为止的研究一直是比较各地的遗迹中发掘的石器、骨头上的各种加工的痕迹，推定了民族和文化的关联程度。但作为科学判断材料，根据还很薄弱。而通过基因则容易推测出实际有多大程度的关联。
分析基因追寻古代人的足迹是全球研究者的共同想法。随着基因研究的渗透，这一领域的研究变得活跃起来。
但是，在日本和东南亚进行研究的时候，存在一个很大的问题。那就是残留在古代人骨中的基因的状态。像链条一样相连的基因不耐高温多湿的环境，容易中途断裂。由于容易滋生细菌，会分解人的基因，或者混入其他生物的基因。干燥地区较多的欧洲和非洲的基因的保存状态较好，上万年前的旧标本也能保存得很干净。
这次的研究采用了新的分析方法。以往一般都是从残留在牙齿中的细胞中提取基因，而这次变为从非常硬的侧面头骨中进行提取。因为这样可以找到保存状态良好的基因。
提取的时候也十分细心。因为只能提取到极微量的基因，一旦混入其他的基因就无法解析了。所以要在无尘室（clean room）里使用专用的实验服和手套进行。
这项研究与以丹麦哥本哈根大学为核心的国际研究小组共同作业，海外的多个大学也同样解读了该基因。北里大学准教授太田博树表示，“只有一个研究所的数据可信度不高，在国际合作体制下，才能给出高精度的数据”。
能够解读遗传信息的个体数量还很少，地域也有限。接下来的研究主题还有很多。
绳文人与弥生人相互交流 形成了现在的日本人.绳文人从一万几千年前到约2300年前在日本列岛生活。其面部特征是圆脸、高鼻梁、颚骨发达。他们被认为以狩猎采集为生，途经现在的台湾和朝鲜半岛等地迁徙而来。
本次提取了基因的人骨出土地伊川津贝冢是大约4000年前到2500年前的遗迹，属于绳文时代的后期至晚期。从该地出土的动物、鱼骨、陶器和石器中可以了解绳文时代的生活情况。
据说弥生人在大约2500年前从亚洲大陆迁徙至日本九州地区，并开始种植大米。其面部特征是脸长、眼睛细、下巴窄。该人种渐渐地扩展到整个日本列岛，在与绳文人等融合的过程中，逐渐演变成现在的日本人。
从亚洲各地到来的人们在日本形成了混血。因此，日本保留了亚洲各地的各种风俗和语言。虽然听起来不文雅，但日本人确实属于“杂种”。就算没有得到科学证明，日本人也早已注意到自己的“杂种性”。日本人非但不以“杂种”为耻，反而一直以此为傲。20世纪后半期有代表性的日本知识分子加藤周一就将日本文化称为“杂种文化”。
